Flóra:
Nejcennější přirozené lesní porosty pralesovitého charakteru se nacházejí v centrální části NPR, kde roste také poslední exemplář původního Taxus baccata. V jižní části rezervace je několik starých exemplářů javoru klenu Acer pseudoplatanus.Květena je zde relativně chudá. Potvrzena byla přítomnost jarních geofytů a také karpatských a horských druhů. Roste zde karpatský subendemit kyčelnice žláznatá Dentaria glandulosa. Početná je skupina druhů se širší vazbou na karpatskou oblast zapalice žluťuchovitá Isopyrum thalictroides, bika žlutavá Luzula luzulina, kapradina Braunova Polystichum braunii. Další výraznou skupinou jsou horské druhy jako čarovník alpský Circaea alpina, hořec tolitovitý Gentiana asclepiadea, řeřišnice křivolaká Cardamine flexuosa, žebrovice různolistá Blechnum spicant, kokořík přeslenitý Polygonatum verticillatum.Velmi významné je území NPR také z hlediska mykologických nálezů.
Fauna:
V NPR Čantoria se stabilně vyskytují běžné druhy hlodavců, šelem a sudokopytníků. Zaznamenán byl velký počet netopýrů, objevuje se řada ohrožených ptáků. Z ochranářsky významných hlodavců se zde vyskytuje veverka obecná Sciurus vulgaris a plch lesní Dryomys nitedula, dokonce i silně ohrožená myšivka horská Sicista betulina. Naopak mezi největší zde zaznamenané živočichy patří migrující jedinci losa evropského Alces alces. Ze zvláště chráněných šelem je zde potvrzen výskyt vlka obecného Canis lupus a medvěda hnědého Ursus arctos, historicky dokonce i kočky divoké Felis silvestris (1967). Výskyt medvěda i vlka není stálý a je pravděpodobné, že se jedná o migrující jedince.
Neživá příroda:
Geologické podloží Čantoryjské hornatiny tvoří flyšové horniny istebňanského a godulského souvrtví slezské jednotky vnější skupiny příkrovů. V náhorních polohách Čantoryjského hřbetu se vyskytují kryogenní tvary-mrazové sruby, kryoplanační terasy, balvanovité proudy, na svazích projevy hlubinného ploužení a pseudokrasové útvary ve formě puklinových a rozsedlinových jeskyní.Geomorfologicky nejvýznamnější částí NPR je rokle zvaná Liščí důl v jihovýchodní části rezervace. Jde o cca 15 m hlubokou a 120 m dlouhou skalnatou rokli, která je jednou z nejhezčích ukázek projevů gravitačního rozvolňování skalního masívu v oblasti flyšových Karpat .Převládajícím typem půd jsou kambizemě dystrické, na sutích pak rankery.
Omezení:
Návštěvníci by se zde měli vyvarovat především vstupu mimo značené cesty a chodníky. I na nich je ale třeba pamatovat na to, že starý a samovolnému vývoji ponechaný les „pracuje“ podle svého a padající tlející větve, celé pahýly, souše a stromy mohou kdykoliv (i za bezvětří) ohrozit vaši bezpečnost.
Péče:
Jádrové území NPR Čantoria tvoří pralesovitý porost se stářím cca 180 let. Od roku 2004 jsou lesní porosty s dominancí buku ponechány zcela samovolnému vývoji. Z cílených managementových zásahů zde probíhá v mladších smrkových porostních skupinách úprava dřevinné skladby jednotlivou nebo skupinkovou těžbou chřadnoucího smrku a také vnášení chybějící jedle bělokoré formou podsadeb.
