Flóra:
Předmětem ochrany NPP Cikánský dolík jsou lněnka zobánkatá a šášina načernalá, dále pak pěnovcové prameniště a bazické slatiniště. Kromě toho zde rostou i další druhy vápnitých mokřadů jako ostřice Davallova, o. šupinoplodá a o. prosovitá. Větší část plochy periodicky vysychá, a proto jsou zde dominantní bezkolenec modrý a válečka prapořitá, v jejich porostu pak orlíček obecný, bělozářka větvitá, pcháč panonský, prvosenka jarní, oman vrbolistý a svízel severní.Na dně údolí je řídká slatinná olšina, v jejímž podrostu můžeme najít vraní oko čtyřlisté, vrbinu obecnou, bažanku vytrvalou a vzácně také hadí jazyk obecný. Ve většině přehrádek rostou parožnatky.
Fauna:
Vzhledem k poloze národní přírodní památky uvnitř velkého lesního komplexu se zde vyskytují lesní druhy obratlovců. Ve vodních ploškách můžeme spatřit čolka horského. Z bezobratlých živočichů je významný hmyz vázaný svým výskytem na vodní plochy, zejména vážka žlutoskvrnná a páskovec kroužkovaný.
Neživá příroda:
Horninový podklad tvoří křídové písčitovápnité slínovce spočívající na glaukonitických slínovcích a pískovcích. Na jejich rozhraní je vyvinut pramenný horizont, který vytváří polohy vysrážených jemných pěnovců. Na svahu vznikají četné drobné sesuvy v důsledku podmáčení.Půdy jsou silně vápnité, na svahu pararendziny a v údolí slatinné organozemě.
Omezení:
Platí zde obecná omezení vyplývající ze zákona o ochraně přírody a krajiny.
Péče:
V území byly v minulosti vyhloubeny dvě hluboké strouhy, které pěnovcovou kupu nežádoucím způsobem odvodňují. Za účelem nápravy tohoto stavu je na odvodňovacích strouhách a jejich přítocích budován systém přehrádek, které vodu zadržují a postupně se zazemňují jednak vyplavovaným pískem, jednak vysráženým pěnovcem. Území je obhospodařováno kosením a redukcí náletu dřevin.
