Flóra:
V horní části údolní nivy se nachází enkláva rašelinných luk s mokřadními ostřicovými společenstvy, přecházejícími v degradační monocenózy chrastice rákosovité. Ve střední a spodní části potok meandruje v převážně smrkových lesních porostech s fragmenty olšin svazu Alnionincanae. Rostou zde mj. vachta trojlistá, zábělník bahenní, prstnatec májový, žluťucha orlíčkolistá, starček potoční a sedmikvítek evropský.
Fauna:
Potok obývají chrostíci, pošvatky, jepice a jiní málo prozkoumaní bezobratlí, mihule potoční, vranka obecná a pstruh obecný potoční. Dále v chráněném území žijí mj. čolek horský, skokan hnědý, s. ostronosý, ropucha obecná, slepýš křehký, ještěrka živorodá a zmije obecná. Hnízdí zde střízlík obecný, konipas horský, linduška lesní, pěvuška modrá aj. Biotop osidlují rejsek obecný, rejsec vodní a další druhy savců.
Neživá příroda:
Podložím postupně se zahlubujícího údolí meandrujícího Mlýnského potoka, na rozhraní Přibyslavské pahorkatiny a Henzličky, jsou biotitické a dvojslídně migmatitizované a granitizované ruly strážeckého moldanubika s ojedinělými vložkami svorů a pyroxenických kvarcitů. Na sedimentech údolní nivy jsou vytvořeny organozemní gleje a pseudogleje, přecházející v kyselé kambizemě na okolních svazích.
