Běžnému návštěvníkovi Národní přírodní památka Jeskyně Pekárna splývá s Přírodní rezervací Údolí Říčky. Pravdou je, že větší PR Údolí Říčky pohltila do svého území menší NPP Jeskyně Pekárna, která není jen samotnou jeskyní, ale zahrnuje značnou část údolního svahu svého okolí. Pro turistu však postačí představa, že NPP Jeskyně Pekárna je právě jen tou velkou jeskyní tvaru obrovské chlebové pece. Původně byla jeskyně vyplněna sedimenty, které při archeologických výzkumech byly vyváženy před jeskyni. Z významných badatelů zde pracoval Karel Absolon nebo Bohuslav Klíma st.Jeskyně je nejvýznačnějším sídlištěm lovců koní a sobů (kultura magdalenien) z období před cca 12000 – 13000 lety nejen v Moravském krasu, ale i z podhledu širšího regionu. Jeskyni proslavily zejména nálezy rytin pasoucích se sobů a bizonů na žebrech koní. Najdete je v Brně v Muzeu Anthropos. Jsou to unikátní výtvarné projevy srovnatelné s malbami např. v pyrenejských jeskyních (ty jsou však většinou o něco starší). V Česku se ovšem žádné takové malby v jeskyních nenašly (říká se „zatím“). Dvě repliky jeskynních maleb ze zahraničí na stropě jeskyně Pekárna nalézt můžete. Nejsou zde cíleně a legálně, ale ochrana přírody je pro zajímavost v jeskyni ponechala.Jeskyně Pekárna je tvořena jedinou 64 m dlouhou chodbou, která je téměř až na konec osvětlena denním světlem. Konec jeskyně tvoří velký balvanitý zával. Je předpoklad, že chodba míří za závalem dále, ale pokusy o proniknutí závalem nevedly k úspěchu. Geofyzikální průzkum naznačuje pokračování chodby zavalené zříceným stropem minimálně v délce 200 m. Jeskyně patrně představuje vývěrovou jeskyni vod, tekoucích od Hostěnic. Z tohoto pohledu je jeskyně po spádové křivce kdysi podzemní řeky jejím nejnižším místem. Její nejvyšší část, tj. ponor nebo ponory a na ně navazující ponorová část jeskyně dnes již zřejmě neexistují, byly sneseny denudací krajiny. Nicméně v krasu platí „nikdy neříkej nikdy“ …Pro území je typická vegetační inverze. Ve stromovém patře dna údolí převládá jasan ztepilý a uměle vysazený smrk ztepilý. V podrostu je doprovází např. chráněná měsíčnice vytrvalá, prvosenka vyšší, nápadný áron karpatský, chráněná lilie zlatohlávek aj. Suťové svahy zarůstají téměř až po horní hranu lesy s bukem, javorem klenem, lípou velkolistou v podrostu s bažankou vytrvalou, kyčelnicí devítilistou aj. Vegetace náhorní krasové plošiny odpovídá dubohabřinám. Převládá habr obecný s vtroušeným dubem zimním v bylinném podrostu s ostřicí chlupatou, strdivkou nící, chráněným vemeníkem dvoulistým aj.Jeskyně Pekárna je významná společenstvy netopýrů mimo zimní období. Netopýří společenstva v letním období jsou tvořena především netopýrem ušatým, n. velkým, n. černým a n. večerním .
