Flóra:
Větší část území národní přírodní památky je zalesněna trnovníkem akátem a borovicí černou nebo zarostlá přirozeným náletem dřevin, zejména jasanem a křovinami (trnky, svídy, bez černý). Přesto se zde zachovalo několik bezlesých skalnatých výchozů a stepních strání, na nichž roste řada významných rostlinných společenstev. Na výchozu břidlic u Řeporyj najdeme společenstvo křivatce českého a rozrazilu ladního, v němž se vyskytuje vzácná houba hvězdovka Pouzarova. Společenstvo prvosenky jarní a pěchavy vápnomilné se vyskytuje na úklonech vápencových svahů k severu a severozápadu u lomu Mušlovka a na diabasové skále u Řeporyj; společenstvo devaterníčku šedého a ostřice nízké najdeme na jižních svazích na diabasu, zejména na diabasové skále u Řeporyj, společenstvo trýzele škardolistého a kostřavy walliské roste na omezených ploškách s hlubší půdou na vrcholech svahů. Významnými druhy stepních společenstvech jsou zvláště kavyl vláskatý a bělozářka liliovitá.HoubyV NPP jsou lokality mnoha druhů hub. Z lupenatých to je např. vzácná letní muchomůrka Vittadiniho, z břichatek, kterých je nejvíce, z hlediska ochrany důležitá hvězdovka Pouzarova, velmi vzácná drobná hvězdovka uherská a nehojná h. kvítkovitá, h. bradavková, h. límečková a h. vlasohlavá, dále palečka nazrzlá, prašnatka kořínkatá aj.·šarlatově červené miskovité plodnice má časně z jara zde vzácně rostoucí vřeckovýtrusný ohnivec rakouský.
Fauna:
Významné jsou druhy bezobratlých typické pro skalní stepi, např. reliktní mandelinkovití Aphthona atrovirens, Longitarsus helvolus, Cassida rufovirens a nosatcovití Apion penetrans, A. austriacum, Sibinia phalerata, Ceutorhynchus angustus, Ranunculiphilus obsoletus a stepní bezkřídlí Otiorhynchus velutinus, Peritelus leucogrammus, Trachyphloeus spinimanus, T. angustisetulus a T. asperatus. Ze vzácnějších střevlíkovitých se vyskytují na skalní stepi Licinusdepressus a Masoreus wetterhallü , v lomech Harpalus caspius roubali a Ophonus sabulicola preferující místa s narušeným půdním pokryvem. Z dalších bezobratlých byla nalezena vzácná zlatěnka Chrysauradichroa, teplomilný brouk z čeledi Colydiidae Orthocerus clavicornis, žijící na zemních lišejnících, nebo pavouk stepník rudý (Eresuscinnaberinus).Vlhčí stanoviště v údolí potoka obývají obojživelníci (čolek obecný – Triturusvulgaris , skokan hnědý – Rana temporaria) a ze savců rejsec vodní (Neomys fodiens) a hryzec vodní (Arvicola terrestris) . Na svazích zde hnízdí mj. slavík obecný (Luscinia megarhynchos), skřivan polní (Alauda arvensis), kavka obecná (Corvus monedula), poštolka obecná (Falcotinnunculus), konipas horský (Motacillacinerea), z hnízdiště v Prokopském údolí zalétá výr velký (Bubo bubo). Poměrně hojná je zde ještěrka obecná (Lacerta agilis), byla odtud uváděna i ještěrka zelená (Lacerta viridis), její současný stav však nebyl revidován.
Neživá příroda:
Celé území tvoří prvohorní horniny o stáří přibližně 400 miliónů let.Klasický, téměř úplný geologický profil v podobě mírně zasucených svahů, skalních výchozů a stěn opuštěných lomů začíná u Řeporyj svrchní částí kosovského souvrství (ordovik) a pokračuje k východu motolským souvrstvím (wenlock, silur), kopaninským souvrstvím (ludlow, silur), požárským souvrstvím (přídolí, silur), lochkovským s ouvrstvím (lochkov, dev on), pražským souvrstvím (prag, devon) a zlíchovským souvrstvím (zlíchov, ems).Mezinárodně významná jsou naleziště zkamenělin ve svrchním ordoviku (stopy po lezení živočichů), ve svrchních polohách motolského, v kopaninském a požárském souvrství (zejména ramenonožci, mlži, hlavonožci a trilobiti), v lochkovském, pražském a zlíchovském souvrství (převážně trilobiti a ramenonožci).Geologický profil odkrytý v lomu Mušlovka představuje zároveň opěrný profil k mezinárodnímu stratotypu hranice ludlow-přídolí, který byl v roce 1984 vyhlášen Mezinárodním geologickým kongresem v Moskvě.
Omezení:
Území je veřejnosti přístupné bez omezení. Na skalních a stepních lokalitách je třeba se pohybovat opatrně, zvláště v jarním období, aby nedošlo k poškozování vegetačního krytu.V území není dovoleno rozdělávat ohně a tábořit. Vjezd motorových vozidel je pouze na povolení.Nejvhodnější přístup do území je po zelené turistické značce procházející údolím Dalejského potoka od Řeporyj do Holyně. Po stejné trase vede i naučná stezka Údolím Dalejského potoka s informačními cedulemi u jednotlivých lokalit. Z této cesty je dobrý přístup na hlavní geologické (lom Mušlovka a Černý lom) i botanické (Placatá skála, diabasy u Trunečkova mlýna, Arethusinová rokle) lokality.
Péče:
Hlavní část péče se soustřeďuje na geologické odkryvy, tj. skalní výchozy a lomy, kde jsou periodicky vyřezávány náletové dřeviny.Bezlesí na otevřených enklávách je udržováno vyřezáváním křovin a v budoucnu se počítá i s obnovením pastvy ovcí a koz. Systematicky je tu likvidován zejména akát, a to i za použití herbicidů. Hlavní pozornost je přitom věnována malým lokalitám s křivatcem českým na diabasech.Lesní porosty s borovicí černou a akátem jsou v rámci lesního hospodaření, ve formě náseků (pasek kolmo ke svahu) o šířce cca 30-50 m, postupně přeměňovány na doubravy s vtroušenými dalšími druhy listnáčů (dub šipák, lípa, javor babyka, jeřáb břek, habr). Na severních svazích s hlubší půdou se vysazuje i buk a javory.Na celém území jsou postupně sanovány divoké skládky.
