Podzemní a povrchové krasové jevy tvořené v hrubozrnných a dolomitických krystalických vápencích a nekrasových horninách moldanubika, zahrnující komplex Chýnovské jeskyně, včetně přirozených výplní jeskyní; vzácné minerální formy, zejména fialová odrůda tremolitu hexagonit; přírodní společenstva jeskyní, včetně vzácných a ohrožených druhů živočichů, zejména populace a biotop silně ohroženého druhu živočicha netopýra řasnatého; typy přírodních stanovišť a druhy, pro které byla jiným právním předpisem vyhlášena evropsky významná lokalita Chýnovská jeskyně a které se nacházejí na území národní přírodní památky
