Za národní přírodní rezervaci se vyhlašuje území s výskytem a) ekosystémů květnatých a acidofilních bučin, podmáčených smrčin a společenstev lesních pramenišť, včetně pralesovitého porostu dlouhodobě ponechaného samovolnému vývoji, vlastního Žofínského pralesa, b) populace vzácného a ohroženého druhu rostliny, dvouhrotce zeleného (Dicranum viride), včetně jejího biotopu.
