Kvalita a význam:
Celé území je velmi významné pro studium geologických i biologických fenoménů. Jeho výzkum trvá již více jak 150 let. Mezinárodně uznávaný je stratigrafický význam území. Nacházejí se zde klíčové opěrné profily ke globálnímu stratotypu hranice silur–devon v Čechách a ke globálnímu stratotypu hranice spodní–střední devon v Německu. Území představuje mezinárodně významné typické naleziště zkamenělin. Z biologického hlediska se jedná o jednu z nejvýznamnějších krasových lokalit v České republice s výskytem dlouhé řady ohrožených organismů. Z hlediska přírodovědného bádání v oblasti botaniky, mykologie a studia bezobratlých živočichů se jedná o jednu z nejprozkoumanějších a nejvýznačnějších lokalit v České republice.
Biota:
Prokopské údolí je z botanického hlediska význačné především xerotermní skalní a stepní vegetací (T3.1, T3.2, T3.3, T3.4, S1.1, T6.2) a také přirozenými lesními porosty (dubohabrové háje L3.1, suťové lesy L4, teplomilné doubravy L6.1). Pestrosti vegetace odpovídá velká diverzita fauny, která zde byla výjimečně podrobně prozkoumána (zvláště bezobratlí živočichové, zejména plži, pavouci, brouci a motýli). Vegetace a květena: Území je převažující částí zalesněné. Na severně orientovaných svazích roste na suti habrová javořina (L4) Aceri-Carpinetum s jarním porostem dymnivek - dymnivka plná (Corydalis solida), d. bobovitá (C. intermedia), d. dutá (C. cava) a na mírnějším svahu se na hnědozemi vyskytuje černýšová dubohabřina (L3.1) Melampyro nemorosi-Carpinetum se silenkou hajní (Silene nemoralis), medovníkem velkokvětým (Melittis melissophyllum) a jaterníkem trojlaločným (Hepatica nobilis). V okrajových partiích území se na křídových pískovcích vyskytuje biková doubrava (L7.1) Luzulo albidae-Quercetum. Na hranách vápencových skalek nad údolím najdeme fragmenty hrachorové doubravy (Lathyro versicoloris-Quercetum pubescentis) s dubem pýřitým (Quercus pubescens) L6.1, kde se uplatňuje kakost krvavý (Geranium sanguineum), smldník jelení (Peucedanum cervaria) a hladýš širolistý (Laserpitium latifolium). Část lesních porostů tvoří druhotné výsadby trnovníku akátu (Robinia pseudacacia), borovice černé (Pinus nigra) a b. lesní (P. sylvestris), smrku ztepilého (Picea abies), javorů (Acer sp.) a dubu červeného (Quercus rubra). Jižní vápencové svahy porůstá zejména krátkostébelná kostřavová step s dominantní kostřavou walliskou (Festuca valesiaca) a k. žlábkatou (F. rupicola) (Erysimo crepidifolii-Festucetum valesiacae – T3.3). Na mírnějších svazích s hlubší protorendzinou se vyskytuje společenstvo devaterníčku šedého a ostřice nízké (Helianthemo cani-Caricetum humilis) a na prudších úklonech s drobnou vápencovou drtí a ve spárách skal společenstvo seselu sivého a kostřavy sivé (Seselio glauci-Festucetum pallentis – T3.1). Společenstva sukulentů a efemérů vápencového podkladu (T6.2) se vyskytují vzácně, většinou v mozaice se společenstvy skalních stepí svazu Helianthemo cani-Festucion pallentis. V zazemněných úžlabinách nebo mírných úvalech se vyskytuje společenstvo hlaváče žlutavého a válečky prapořité (Scabioso ochroleucae-Brachypodietum pinnati – T3.4). Nezalesněné skalní úpady pod hranami svahů a nebo severně orientované skalky porůstá společenstvo prvosenky jarní a pěchavy vápnomilné (Primulo veris-Seslerietum calcariae – T3.2). Na těchto vápencových stepích se ze vzácných rostlin vyskytuje např. křivatec vstřícnolistý (Gagea transversalis), žluťucha smrdutá (Thalictrum foetidum), kozinec dánský (Astragalus danicus), kavyl sličný (Stipa pulcherrima), kosatec bezlistý (Iris aphylla), pcháč panonský (Cirsium pannonicum) a mnohé další. Maloplošně se ve skalních stěnách vyskytuje i štěrbinová vegetace vápnitých skal a drolin (S1.1). Od zbytku Prokopského údolí se floristicky a vegetačně výrazně odlišují plochy na tělese diabasové sopky u Nové Vsi (zejména dva kopce v SZ části území). Vyskytují se zde plochy s pohyblivou jemnou drtí porostlou jen sporou vegetací. V místech se zapojenější vegetací se na jižních svazích vyskytuje společenstvo tařinky horské a mochny písečné (Alysso montani-Potentilletum arenariae) – T3.1 a na severním svahu společenstvo prvosenky jarní a pěchavy vápnomilné (Primulo veris-Seslerietum calcariae)- T3.2, podobně jako na zdejších vápencích. Na diabasy Prokopského údolí je vázána i bohatá populace vzácného česneku tuhého (Allium strictum). Na valech Butovického hradiště (valy pochází z 9.–11. století) je dodnes rozpoznatelná ranně středověká eutrofizace; roste zde společenstvo šalvěje hajní a strdivky sedmihradské (Salvio nemorosae-Melicetum transsilvanicae) s některými dalšími ruderálními druhy. V lemech skal a křovin roste společenstvo kakostu krvavého a třemdavy bílé (Geranio-Dictamnetum) T4.1. Za kuriozitu lze považovat maloplošný výskyt vřesu na odvápněných plochách (T8.1B.) Potoční niva byla v minulosti silně antropogenně ovlivněna (mlýny, těžba vápence a později zejména stavba železnice a silnice), takže se do současné doby zachovala jen v útržcích, kde probíhá zpětná sukcese k přirozeným olšinám a vrbinám (K2.1). Prokopské údolí je bohaté naleziště mnoha druhů hub, z dlouhého seznamů vzácných druhů zmiňme alespoň na stepích rostoucí velmi vzácnou hvězdovku Pouzarovu (Geastrum pouzarii). Fauna: Prokopské údolí je unikátním souborem stanovišť teplomilných bezobratlých. Z plžů zde žijí epilitické druhy ovsenka skalní (Chondrina avenacea) a kuželovka skalní (Pyramidula pusilla), jehož výskyt na okraji Bílých skal nebyl v novější době ověřen, dále v Čechách endemická závornatka Bulgarica nitidosa, stepní plž Chondrula tridens, na sešlapávané partie Hemrových skal je vázána vitální populace suchomilky Helicopsis striata, která se dnes již patrně jinde v České republice nevyskytuje. Na lesní porosty jsou vázáni citliví plži Sphyradium doliolum a Isognomostoma isognomostomos. Žije zde řada vzácných teplomilných pavouků včetně sklípkánka pontického (Atypus muralis) a stepníka rudého (Eresus cinnaberinus). Vzácností jsou stepní mravenci Myrmica deplanata a Lasius reginae parazitující na Lasius alienus. Podrobně byli studováni brouci, blanokřídlí a motýli, z nichž jsou někteří reliktní, z mandelinkovitých např. Labidostomis lucida nebo Cryptocephalus pusillus. Z nosatcovitých se vyskytují druhy rodu Acalles, kteří svojí bezkřídlostí dokládají kontinuální trvání lesa. Celé Prokopské údolí je hnízdištěm více než 60 druhů ptáků.
