Kvalita a význam:
Porosty květnatých bučin, acidofilních bučin a podmáčených smrčin jsou navzdory přírodním disturbancím posledních let (bořivé větry) nejlépe vyvinuté a zachované v rámci NPR Žofínský prales (cca 80 ha). Také mimo chráněné území se však dochovaly poměrně souvislé a kvalitní porosty, které jako celek představují jeden z nejcennějších komplexů přirozených bučin v Jihočeském kraji. Porosty pralesa mají z hlediska zachovalosti a vědecké hodnoty (chráněné od r. 1838) význam nejméně středoevropský. Zachovalost kyselých a květnatých bučin mimo prales je snížena v důsledku postupného těžebního rozpracovávání mýtních kmenovin a šíření některých expanzivních či invazních druhů (Calamagrostis epigejos, Digitalis purpurea) do příliš prosvětlených porostů a na paseky. Podmáčené smrčiny jsou soustředěny v pramenné oblasti Tisového potoka a v okolí některých jeho přítoků. Nejkvalitnější porosty se opět nacházejí v Žofínském pralese (SZ část), mimo NPR se zachovaly jen kulturní stejnověké porosty v minulosti uměle založené. Na rozdíl od bučin byly v důsledku nižší statické stability podmáčené smrčiny významně zasaženy větrnými smrštěmi (ničivé orkány v letech 2007 a 2008) a následnou kůrovcovou gradací. Podstatná část porostů se rozpadla a vzhledem k následným hospodářským opatřením se zde v současnosti na řadě míst nacházejí paseky s mladými smrkovými kulturami. V minulosti byla stanoviště podmáčených smrčin mimo prales také částečně odvodněna. Fragmenty rašelinných smrčin (vyvinuté pouze v pralese) jsou v této poloze uprostřed zonálního smíšeného lesa poměrně unikátním jevem. Velmi charakteristicky jsou vyvinuta společenstva plošných lesních pramenišť (helokrénů), zřejmě nejlépe v rámci jihočeského regionu. V NPR Žofínský prales byl v roce 2004 na několika desítkách stromů (především Fagus sylvatica, Acer pseudoplatanus) nalezen dvouhrotec zelený (Dicranum viride). Velikost dosud zjištěné populace je cca 18 dm2, ale lze předpokládat že skutečný výskyt bude mnohem větší.
Charakteristika lokality:
Ve vegetačním krytu jsou významně zastoupeny acidofilní bučiny (L5.4) as. Luzulo-Fagetum, ve vlhčích a spíše inverzních polohách také Calamagrostio villosae-Fagetum a na živinami bohatších a mírně vlhkých stanovištích jsou významnou zonální vegetací květnaté bučiny (L5.1) as. Dentario enneaphylli-Fagetum, regionální varianta s řeřišnicí trojlistou (Cardamine trifolia), často se však vyskytující v ochuzené podobě s dominantním bukovníkem kapraďovitým (Gymnocarpium dryopteris). Druhový soubor květnatých bučin je poměrně početný: řeřišnice trojlistá (Cardamine trifolia), kyčelnice cibulkonosná (Dentaria bulbifera), k. devítilistá (D. enneaphyllos), pitulník horský (Galeobdolon montanum), kostival hlíznatý (Symphytum tuberosum), plicník tmavý (Pulmonaria obscura), vraní oko čtyřlisté (Paris quadrifolia), samorostlík klasnatý (Actaea spicata), čarovník prostřední (Circaea × intermedia), žindava evropská (Sanicula europaea) aj. Acidofilní bučiny (L5.4) charakterizuje hojný výskyt metličky křivolaké (Avenella flexuosa), třtiny chloupkaté (Calamagrostis villosa), věsenky nachové (Prenanthes purpurea), biky lesní (Luzula sylvatica). Podél potoků a v okolí pramenišť jsou vyvinuté typické podmáčené smrčiny (L9.2B) as. Mastigobryo-Piceetum, Equiseto-Piceetum s druhy rodu Sphagnum, rohozcem trojlaločným (Bazzania trilobata), ploníkem obecným (Polytrichum commune). Na několika rozsáhlých prameništích s větší vrstvou humolitu jsou vyvinuty ne zcela typické rašelinné smrčiny (L9.2A) as. Sphagno-Piceetum. Významný je komplex početných relativně rozsáhlých plošných lesních pramenišť (R1.4), většinou s ukázkově vyvinutou vegetací as. Veronico montanae-Caricetum remotae. V pralesních porostech se vyskytují některé kriticky ohrožené druhy mechorostů (Anastrophyllum hellerianum, Dicranum viride, Harpanthus scutatus, Neckera pennata), výjimečná je i druhově bohatá mykoflóra (např. mozkovka rosolovitá - Ascotremella faginea, bolinka černohnědá - Camarops tubulina, ušíčko jedlové - Pseudoplectania vogesiaca, korálovec jedlový - Hericium flagellum, kotrč Němcův Sparassis nemecii). Mech dvouhrotec zelený (Dicranum viride) byl dosud zjištěn v jádru lokality v pralesní části NPR Žofínský prales, kde roste na několika desítkách kmenů listnatých stromů. Významná je fauna bezobratlých, např. plži závornatka křížatá (Clausilia cruciata) a vrásenka pomezní (Discus ruderatus), mnoho druhů půdní mikrofauny, brouci Pterostichus pumilio, Autalia longicornis, kornatec velký - Peltis grossum a roháček jedlový - Ceruchus chrysomelinus, motýli mol chorošový - Scardia boletella, Buvatina stroemella a různorožec černopásý - Fagivorina arenaria. Z významných druhů ptačí fauny zde žijí např. datlík tříprstý (Picoides tridactylus), kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum), jeřábek lesní (Bonasa bonasia), holub doupňák (Columba oenas), lejsek malý (Ficedula parva), do nedávna zde hnízdil čáp černý (Ciconia nigra). Z drobných savců je nejvýznamnější rejsek horský (Sorex alpinus).
