Flóra:
Přirozená vegetace se zachovala především na nepřístupných skalních stupních a teráskách. Dominantní pěchavu vápnomilnou doprovází kostřava sivá, rozchodník bílý, prorostlík srpovitý aj. Ve skalních štěrbinách jsou časté kapradiny sleziník červený a puchýřník křehký. Významný je výskyt silně ohroženého tisu červeného. Z dalších chráněných druhů v přírodní rezervaci roste např. ostřice tlapkatá a lilie zlatohlávek.
Fauna:
Praví jeskynní živočichové jsou na území Moravského krasu jen drobní bezobratlí ze skupiny roztočů a chvostoskoků. Jedná se o živočichy velké jen několik milimetrů. Ve Sloupsko-šošůvských jeskyních byl zjištěn roztoč Oribellopsis cavatica a chvostoskoci Arrhopalites bifidus a A. pygmaeus. Jeskyně jsou významným zimovištěm netopýrů (až 900 jedinců). Nejpočetnější je netopýr velký a hojný je i vrápenec malý.Ve skalnatém terénu jsou nejnápadnější ptáci. Běžně ve skalních rozsedlinách a puklinách hnízdí rorýs obecný, rehek domácí, pravidelně i poštolka obecná a ve skalních výklencích může zahnízdit naše největší sova výr velký. Skály a skalní ostrožny jsou často osídlovány kunou skalní, která někdy navštěvuje i jeskyně.
Neživá příroda:
Rezervace je vyvinuta na severní geologické hranici vápenců Moravského krasu s horninami drahanského kulmu. Je budována ve světlešedých vilémovických vápencích. Pro území jsou charakteristické povrchové a podzemní krasové jevy, především systém aktivních a povodňových ponorů a vlastní Sloupsko-šošůvské jeskyně s až 70 m hlubokými podzemními propastmi, které propojují dvě úrovně jeskynních chodeb. Nápadná je řada izolovaných skal – hřebenáčů – denudačních zbytků starých jeskyní. Vlastní Sloupské jeskyně patří k významným paleontologickým lokalitám se skelety jeskynních medvědů a jiné staropleistocénní fauny.Jeskyně Kůlna je archeologicky i paleontologicky významná lokalita především díky zachovanému profilu od risského zalednění po dobu historickou s nálezem kosterních zbytků neandrtálského člověka.
Péče:
Území přírodní rezervace v blízkosti obce Sloup je ovlivňováno člověkem již od nepaměti. Lesní porosty tvoří především nepůvodní smrčiny, které jsou postupně převáděny na porosty s příznivější druhovou skladbou. Pozoruhodná je historie poznání Sloupsko-šošůvských jeskyní. Popis Sloupských jeskyní z roku 1669 je vůbec prvním popisem jeskyně v České republice. Postupné zpřístupňování v letech 1881 až 1923 přineslo spolu s množstvím odborných poznatků i značné zásahy do jeskynních sedimentů i sintrových útvarů. Část nazvaná Eliščina jeskyně byla jako první v Evropě elektricky osvětlena obloukovými lampami již v roce 1881. Od roku 1998 je do návštěvnického okruhu zařazena jeskyně Kůlna s expozicí. Z důvodu ochrany přírody jsou stanoveny limity návštěvnosti a omezen í zimního provozu. Turistům slouží i krátká naučná stezka mezi touto jeskyní a parkovištěm.
