Rostliny:
Na svazích kopce vzniklého vulkanickou činností se vyvinula cenná rostlinná společenstva suťových lesů s převahou javoru klenu (Acer pseudoplatanus) a jasanu ztepilého (Fraxinus excelsior) a květnatých bučin. Květena na území přírodní rezervace je tak velice pestrá – roste zde více než 220 druhů cévnatých rostlin.Zajímavé druhy představují především typické druhy jednotlivých dochovaných stanovišť, např. vranec jedlový (Huperzia selago) rostoucí na sutích, dymnivka bobovitá (Corydalis intermedia) či kokořík přeslenitý (Polygonatum verticillatum) jako typické druhy bučin, lýkovec jedovatý (Daphne mezereum), jednokvítek velekvětý (Moneses uniflora) a vraní oko čtyřlisté (Paris quadrifolia) charakteristické pro porosty s převládajícími kleny a jasany, netřesk výběžkatý (Jovibarba sobolifera) pro stanoviště skalních štěrbin nebo lipnice oddálená (Poa remota) a čarovník alpský (Circaea alpina) rostoucí na prameništích. V sedle mezi vrcholy roste oměj vlčí (Aconitum vulparia).
Živočichové:
V přírodní rezervaci hnízdí holub doupňák (Columba oenas), zaznamenán byl také krutihlav obecný (Jynx torquilla). Podhorní vrch je součástí hnízdního revíru silně ohroženého čápa černého (Ciconia nigra), přímo na území přírodní rezervace však hnízdění zaznamenáno nebylo.
Neživá příroda:
Podhorní vrch je typickou ukázkou vrcholového a ostrovního fenoménu. Vyznačuje se pravidelným kuželovitým tvarem a s jeho dvěma vrcholy – Velkou (847 m) a Malou Podhoru (829 m) tvoří krajinnou dominantu Tepelské plošiny. Geologické podloží je tvořeno amfibolity mariánskolázeňského metabazitové komplexu. Vlastní hora vznikla sopečnou činností v třetihorách zhruba před 2 až 15 milióny let a patří k nejmladším pozůstatkům vulkanické činnosti oherského riftu. V opuštěném lomu na severozápadním svahu hory byly v minulosti zaznamenány nálezy minerálu olivínu a až 10 mm velké krystaly nefelinu.
