Ochrana ekosystémů slepých a odstavených ramen řeky Lužnice, nivních tůní, komplexu nivních luk a ploch mokřadní vegetace v depresích bývalých říčních ramen s charakteristickou vegetací a výskytem ohrožených rostlin a živočichů; ochrana druhů a stanovišť EVL Lužnice a Nežárka