Flóra:
Na Peperku se zachoval v rámci CHKO ojedinělý zbytek suťových lesů svazu Tilio-Acerion, asociace Lunario redivivae-Aceretum. Porost je tvořen převážně bukem lesním s příměsí javoru klenu, ojediněle je vtroušená jedle bělokorá a jilm horský, v okrajích je více zastoupen smrk ztepilý. Na skalách a sutích se dále vyskytuje borovice lesní, bříza bělokorá, jeřáb ptačí a hojný keřový podrost s lískou obecnou, trnkou obecnou a ostružiníkem. V bylinném patře rostou měsíčnice vytrvalá, bažanka vytrvalá, jaterník trojlaločný, lýkovec jedovatý, podbílek šupinatý, kyčelnice devítilistá a hojně zastoupeny jsou kapradiny např. kapraď samec a bukovník kapraďovitý. Skály a sutě jsou porostlé pokryvnou vegetací lišejníků Parmelia saxatilis, Lecanora orosthea, Cladonia chlorophaea aj. Z mechorostů se v sušších partiích skalních stěn vyskytuje Hedwigia ciliata, Grimmia trichophylla var. muehlenbeckii a Polytrichum piliferum, na zastíněných sutích tvoří bohatší mechové pokryvy Paraleucobryum longifolium, Hypnum cupressiforme, Plagiothecium curvifolium aj.
Fauna:
Na zachovaná společenstva je vázán výskyt řady střevlíků např. Carabus auronites, Pterostichus niger a tesaříků z rodů Oxymirus, Rhagium aj. Území obývají ještěrka živorodá, slepýš křehký a hnízdí v něm řada druhů ptáků, mj. datel černý, strakapoud velký, s. malý, holub doupňák, lelek lesní, puštík obecný a lejsek malý. Žijí zde mj. rejsek obecný, r. malý, plšík lískový, jezevec lesní a při lovu zalétají netopýři nejčastěji n. ušatý.
Neživá příroda:
Skalní útvary v zakončení okrajového hřbetu Henzličky byly vypreparovány na výchozu pyroxenických rul a kvarcitů strážeckého moldanubika procesy mrazového zvětrávání ve starších čtvrtohorách. Skalní hřeben v délce 300 m je rozčleněn dvěma širokými depresemi a podkovovitými pseudokary, z nichž vycházejí balvanové proudy. Na jihozápadně orientovaných svazích s rozvlečenými balvanitými sutěmi jsou vypreparovány další drobnější skalní výchozy. Na hřebeni jsou vytvořeny jen mělké a kamenité ochrické půdy přecházející pod suťovými svahy až v humusem a živinami obohacené kambizemě.
